JADEN YUGI

Con 15 años, Jaden Yuki logra entrar ha la Academia de duelos, una escuela de internos que se estableció por Seto Kaiba de la serie original. Antes de llegar a la Academia, Jaden obtiene una carta llamada Kuribo Alado, el cual se lo regala Yugi Mutou. Cuando tiene que entrar a la academia, Jaden obtiene una calificación baja en el examen escrito, y es puesto con los Slifer Red (Osiris Red), el dormitorio para los novatos, junto con Syrus Truesdale (Sho Marufuji) y Chumley Huffington (Hayato Maeda), sus nuevos amigos. Aunque Jaden casi reprobó el examen escrito, Jaden fue capaz de derrotar a un maestro de la academia llamado Vellian Crowler, ganándo así el derecho de entrar a la academia.

Jaden ha hecho a varios enemigos en su escuela, incluso Vellian Crowler a quien Jaden derrotó en el duelo del examen. Fuera de rencor, Crowler intentó sacar a Jaden fuera de escuela en muchas ocasiones diferentes antes de aceptar la derrota finalmente. A pesar de su actitud descuidada, él es un duelista cumplido. Jaden enfrentó a Chazz Princeton en un duelo injutso (ya que Jaden era novato) y aun así lo derrotó. Posteriormente, Jaden fue recomendado por Zane para ser el representante de la academia en el duelo interescolar, pero Crowler alegó que debía ser Bastion quien ocupara el puesto, tras lo cual se hace un duelo para ver quién representará la escuela. Jaden derrota a Bastion sin utilizar monstruos de fusión, ganando así el derecho a jugar el interescolar contra Chazz, que se había ido a la academian del Norte.

Asimismo, Jaden es también el responsable de la derrota de la mayoría de los Jinetes de la Sombras (Siete Estrellas).

Durante el segundo año, y después de una derrota contra Astro Fénix, Jaden se aventuró en el Neo Espacio y supo de la batalla continuada entre las fuerzas de oscuridad y luz. Con la ayuda del Neo-Spacial, Jaden adopta el papel del defensor del universo que maneja los poderes de oscuridad contra Takuma Saiou y la Sociedad de Luz. Posteriormente vuelve a encarar a Astro Fénix cambiando el resultado y derrotándolo contra las predicciones de Sartorius. Igualmente derreto en un duelo en el que perdio la mayoria de sus cartas al abogado de Santorius.